幕府や諸宗を批判したとして捕らえられ、翌９月１３日未明、腰越龍ノ口刑場にて処刑されかけますが、江の島の方向から月のように輝くものが飛んできて、刀を三つに折り、処刑役人は目が眩み、その場に倒れ、兵士たちは恐れおののき、斬首の刑は中止され、その後佐渡流罪となりました。

4月8日、佐渡流罪より赦免され鎌倉に戻った日蓮聖人は、平頼綱から蒙古襲来の予見を聞かれますが、法華経中心の政策への転換を幕府に対して行いました（3度目の諌暁）。幕府は聞く耳をもちませんでした。

5月17日、波木井実長の招きで甲斐国身延山（山梨県身延町）に入り、この地で法華経を伝える人材養成に務め、大勢の弟子や信者と共に、昼夜をとわず法華経の講義や唱題修行に精進されました。

9月8日、病の療養の為、常陸の湯へ向かう道中、同月18日武蔵国池上宗仲公の館（東京都大田区池上=現在の大坊本行寺）で養体が悪化し休息されました。

日蓮聖人は御入滅になることを予感され、10月8日、池上の地で本弟子六人を定め、力を合わせ法華経流布に精進することを命じ、日蓮聖人生涯の精神的帰依ともいうべき『立正安国論』の講義をされました。

10月13日辰の刻（午前7時～9時）、弟子・信者多数の唱題の中、静かにご生涯を閉じられました。池上の山に季節外れの桜の花が咲き、日昭上人の打つ臨終を知らせる鐘の音が悲しく響きました。

１０月１９日、「いづくにて死候とも、はか（墓）をば身延のさわ（沢）にせさせ候べく候。」（波木井殿御報）のご遺言に従い、ご遺骨が身延へ出発しました。