O templo tem diversas estruturas com valor histórico. O Soshi-do (salão do fundador), designado como tesouro cultural nacional, foi reconstruído na era Enpo (1673-81). Outros tesouros culturais nacionais são o salão principal Hokke-do, construído na era Muromachi, e a porta Shisoku-mon. Hokke-do é a estrutura mais antiga e crê-se ser a principal estrutura de Honmyoji. Goju-no-to (o pagode de cinco andares), construído em 1622, é também um tesouro nacional. Há um anexo importante, o Shogyo-den, construído em 1931. Outras adições são: Kishimojin-do, Aragyo-do, e Joshuden (a casa de hóspedes).

O templo também mantém numerosos tesouros sacros nacionais: Os originais do “Rissho Ankoku Ron”, “Kanjin Honzon Sho,” de Nichiren Shonin e outros 56 volumes de seus escritos originais, que são mostrados ao público uma vez por ano em 3 de novembro. Incontável número de documentos históricos, a estátua de Nichiren Shonin, diversas outras estátuas e arte sacra antiga que data da Idade Média.