Kuil ini memiliki berbagai struktur sejarah yang penting. Soshi-do (Aula Pendiri), ditetapkan sebagai kekayaan budaya nasional, dibangun kembali di era Enpo (tahun 1673-81). Kekayaan budaya nasional lainnya adalah aula utama Hokke-do, dibangun di era Muromachi, dan gerbang Shisoku-mon. Hokke-do merupakan bangunan tertua dan diyakini sebagai bangunan utama Honmyoji. Goju-no-to (pagoda lima lantai), dibangun pada tahun 1622, juga merupakan kekayaan budaya nasional. Ada tambahan penting, Shogyo-den, dibangun pada tahun 1931. Lainnya meliputi: Kishimojin-do, Aragyo-do, dan Joshuden (rumah tamu.)

Kuil ini juga menyimpan berbagai kekayaan budaya nasional yang sakral: Tulisan asli Nichiren Shonin “Rissho Ankoku Ron,” “Kanjin Honzon Sho,” dan 56 jilid tulisan asli. Ini diperlihatkan untuk umum sekali dalam setahun pada tanggal 3 November. Tak terhitung banyaknya jumlah dokumen sejarah, patung Nichiren Shonin, berbagai patung lainnya, dan karya seni sakral yang berasal dari Abad Pertengahan.