日蓮聖人深思熟慮後，堅決立志廣為宣揚《法華經》教誨。在1253年的4月28日，晨間朝陽升起之際，32歲的日蓮聖人對日吟誦「南無妙法蓮華經」，此為立教開宗宣告，後世將其紀念為日蓮宗的創立時刻。他在此時將名諱改為日蓮，根據《法華經》，此名代表日月之明耀、蓮花之純淨。
然而，有些人的回應冷酷。東條景信領主堅信阿彌陀佛，他為此怒不可抑，不僅將日蓮聖人逐出千光山，甚至還圖謀殺害聖人。當時日蓮聖人藏匿於花房蓮華寺，他決定離開家鄉與心靈歸宿清澄寺，出發前往鎌倉。他與父母辭別後，便前往半島西岸。
起源
這座歷史上著名的寺院建於西元771年，平安時代由慈覺大師修建。這間寺院是房總半島最大的天台宗寺院，香火鼎盛。這間寺院在江戶時代早期接受征夷大將軍徳川家康奉獻後，就從天台宗轉為真言宗寺院，此寺具有等同「十萬石」的地位（「石」為封建時代衡量大名(領主)或武士封地的單位）。身為醍醐寺三寶院的分寺，清澄寺在關東區三大寺院中位居第一，獲得天皇象徵的菊花御紋章。在1949年2月16日的日蓮聖人誕辰紀念之日，此寺皈依轉入日蓮宗。
寺院近況
首先要由此寺主廳摩尼殿說起（虛空藏菩薩像本尊供奉於此，為全日本三尊之一），寺院包含大祖師堂、開山祖大廳 (1971)、客殿 (1921)、庫裏 (1647)、修道廳(1999)以及內門 (1646)，此寺為當地的文化資產。開山祖的巨大青銅雕像供奉於旭ヶ森(Asahi-ga-mori)，此地亦為 道善的安息之地。另有一株由政府維護的巨杉以及當地文化資產的廟鐘(1392)，兩者都有相等的重要地位。除此之外， 阿萬之方(Oman-no-kata)夫人捐贈的開山祖聖像與開山祖硯台（匣藏於漆盒）均供奉於開山祖大廳。
參加度牒儀式是成為日蓮宗法師的第一步，儀式會頒發新成法師證書，舉辦時間為每年的一月、四月、七月與十月。