此寺具有多種歷史性重大的建築，重建於江戶時代 (1673-81)的祖師堂（開山祖廳）獲封為國家文化資產，其他國家文化資產分別是建於室町時代的法華堂主廳以及四足門大門。法華堂是歷史最悠久的建築，據信為本妙寺主要建築。 建於1622年的五重塔（五層多寶塔）亦屬於國家文化資產；此外，還有1931年增建的堅固建築聖教殿，其他重要建築包括鬼子母神堂、苦修堂以及常修殿（客殿）。

此寺也保存好幾個宗教國家資產：日蓮聖人的《立正安國論》、《観心本尊抄》原稿與其他56卷原稿，這些收藏只在每年11月3日才會公開展示；無數歷史文件、日蓮聖人雕像、多種其他雕像與宗教藝品都可追溯至中古世紀。